1964. École catholique St. Nicolas, dans le Bronx. Tout oppose Soeur Aloysiusn directrice de l'établissement, autoritaire et exigente, au Père Flynn, dynamique et charismatique. Sur la foi d'un témoignage confus de la douce et naïve Soeur James, Soeur Aloysius se convainc que le prêtre porte un intérêt trop marqué envers le premier élève afro-américain admis dans l'établissement. Déterminée à renvoyer ce prêtre, aux méthodes qu'elle désapprouve, celle-ci se lance dans une croisade personnelle pour faire éclater la vérité. Le doute s'installe et c'est le début d'un duel psychologique dont l'enfant n'est plus que le prétexte et soeur James le témoin malheureux... et si tout ne reposait que sur un malentendu ?...